Im Religionsunterricht lernen Kinder und Jugendliche die praktische Bedeutung des christlichen Glaubens kennen und werden zum Konfirmandenunterricht hingeführt. Der Religionsunterricht beginnt in Münchenstein mit dem 1. Schuljahr und wird auf der Unterstufe ökumenisch erteilt. Die Kinder lernen somit das Gemeinschaftliche der beiden Konfessionen aus eigener Erfahrung kennen, und es wird eine Verständigungsbasis gelegt zwischen Reformiert und KatholischAb dem 3. Schuljahr wird der Religionsunterricht konfessionell getrennt erteilt. Die reformierten Schülerinnen und Schüler sind nun unter sich und erleben in der Religionsstunde ihre eigene Gemeinschaft, was für die religiöse Identität wesentlich ist. Auf der Oberstufe (ab dem 6. Schuljahr) wird der Religionsunterricht weitergeführt. Während dem 8. Schuljahr wird jedoch eine Pause eingelegt und kein Unterricht erteilt, damit dann im Konfirmandenunterricht eine neue Unterrichts‑Atmosphäre entstehen kann. Der Religionsunterricht wird auf allen Stufen in einer Wochenstunde erteilt.